Место для жительства в районе нынешнего села Киприно было выбрано еще первобытным человеком. Подтверждением тому являются многочисленные находки орудий труда, быта, охоты человека каменного, бронзового, железного веков — их и сегодня находят на песках Кипринского борка, который расположен на северо-востоке села за озером Кишкино.
Русские люди поселились здесь в середине 40-х годов XVIII века. В материалах 2-й ревизии (переписи) 1745 года записано: «Вновь поселены после прежней переписи Кузнецкого ведомства Малышевской слободы деревня Шишкина. Иван Иванов Блинов, у него брат Трофим. Итого в деревне Шишкиной разночинцов две души». Сколько душ женского пола было у братьев Блиновых — не указано.
На карте Удорской провинции Пимена Старцева 1750 года деревня обозначена как Кишкина. Во время соляной переписи 1759 года деревня значится как Киприна. В этой переписи зарегистрировано 25 семей с населением 184 человека. Вот их фамилии: четыре семьи Носыревых, три — Рудомётовых, по две семьи Блиновых и Кузнецовых, семьи Бурцевых, Климовых, Малковых, Мальцевых, Мухиных, Овчинниковых, Плотниковых, Рыжковых, Селиверстовых, Селивановых, Худяковых, Юшковых. Откуда пришло название Киприно, сказать трудно, так как сейчас с этим названием имеются населенные пункты в Очерском районе Пермского края и Невьянском районе Свердловской области.
Но будем дальше смотреть развитие деревни. По 3-й переписи 1763 года в деревне числится 211 жителей (100 — мужского и 111 - женского пола), по 4-й ревизии 1782-го — 363 человека (180 - мужского и 183 - женского пола). По 5-й ревизии 1794-1995 годов здесь проживали 406 человек (205 - мужского и 201 - женского пола). Киприно вышло на первое место по численности населения. В 7-й ревизии 1816 года в деревне зарегистрировано 374 жителя. В это время проживали: семь семей Рыжковых, шесть - Юшковых, по пять — Носыревых и Чашковых, по четыре - Кузнецовых, Портнягиных и Рудомётовых. Появились Быковы, Гостевы, Вохмины, Завьяловы, Коноваловы, Мелентьевы, Мурзинцевы, Малыгины, Носковы, Нечунаевы, Палкины, Соколовы, Сотниковы, Тарховы, Щукины. Несколько семей Рудомётовых, Завьяловых выехали в начале века и основали деревню Юдиху. По 8-й ревизии в Киприно проживали 534 человека (255 — мужского и 279 - женского пола). В 1858 году по 10-й ревизии зарегистрировано 316 душ (мужских).
А XX век (начало) ознаменовался массовым выездом населения из европейской части России в Сибирь, и способствовали этому постройка Сибирской железной дороги, развитие водного транспорта на реке Оби и столыпинская реформа. В 1911 году в Киприно проживали
2426 человек - 1098 мужского и 1328 женского пола. В селе функционировали церковь, церковно-приходская школа, казенная винная лавка, хлебозапасный магазин, три мануфактурных и мелочная лавки,
еженедельно, по пятницам и субботам собирался базар.
По Всероссийской сельскохозяйственной земельной и городской переписи 1917 года (проводило Временное правительство) в селе зарегистрировано 398 хозяйств с населением 2253 человека. С этого года село Киприно стало волостным центром. На сокращении населения
сказались засуха 1911 года, после чего был большой отток населения обратно в европейскую часть страны и Первая мировая война.
Октябрьская социалистическая революция на Алтае и в Киприно прошла бескровно, но начавшаяся в 1918 году Гражданская война сказалась на развитии села отрицательно. В 1922 году начал претворяться в жизнь ленинский Декрет о земле. Надел земли производился на едока, из села Киприно выехали 91 хозяйство с населением 437 человек в деревню Сакмарино и 70 хозяйств — 399 человек —в поселок Первомайский.
Война, трудные послевоенные годы дали огромную убыль населения. Целинные годы принесли приток жителей, а 1960-е годы снопа дают большой отток. На сокращении населения сказались ликвидация МТС и паспортизация. С выдачей паспортов сельское население поехало в город, где развивалась промышленность, строилось жилье, а жизненный уровень был гораздо выше сельского. 1970-е годы характеризуются обновлением и укреплением материально-технической базы колхозов и совхозов и строительством социальных объектов.
Кто бывал в селе Киприно в 50-60-х годах прошлого века, тот помнит, каким было село в то время - все оно было внизу. В верхней части, где заново отстроено село, размещались МТС, контора, мастерская, нефтебаза, электростанция, склад и 5-6 домов, а за ней было хлебное поле. Реденько стояли домики и на Губаревке. Зато внизу село было разбросано от увала и озера Кишкино (от Рудомётовых) к Шири в Новой деревне. Улица была по-над озером Кишкино с той стороны, в районе борка. А под увалом от школы, с небольшим разрывом, дома уходили в Ключевку. Достоят свой век дома в нижней части села и все люди переберутся на новое место.
Заселение на новых местах в левобережье реки Оби началось в 30-х годах XVIII столетия самовольно. Территория была Тобольской провинции Кузнецкого ведомства Малышевской слободы (центр Малышево ныне Сузунского района Новосибирской области), по 5-й ревизии деревня Киприна числится в Колыванской губернии Кулундинской слободы (центр с. Тюменцево).
С 1864 года село входило в Кулундинскую волость Барнаульского округа Томской губернии. С 1902 года село Киприно вошло в выделившуюся из Кулундинской волости Обскую волость (центр с. Юдиха)
Барнаульского уезда Томской губернии.
Постановлением Временного правительства от 17 июня 1917 года Томская губерния была разделена на Томскую и Алтайскую губернии, и село Киприно с 1 июля 1917 года стало центром Кипринской волости Каменского уезда Алтайской губернии.
С 25 мая 1925 года — в Кипринском районе Каменского округа Сибирского края. 20 февраля 1931 года Кипринский район был ликвидирован, и село Киприно вошло в Тюменцевский район Каменского округа Западно-Сибирского края. С 28 сентября 1937 года село вошло в Тюменцевский район Алтайского края. С 15 января 1944 года село перешло в Шелаболихинский район. С 1 февраля 1963 года - в Павловский район и с 15 августа 1985 года село Киприно снова входит в Шелаболихинский район Алтайского края.
